GoogleMapsのプロジェクションは未だに情報が錯綜しているが、この指定方法でズレが無くMapserverから出力できた。

MAP
UNITS meters
NAME EARTH //特に意味はないが
STATUS ON
PROJECTION
'proj=merc'
'lat_ts=0'
'lon_0=0'
'k=1.000000'
'x_0=0'
'y_0=0'
'ellps=WGS84'
'datum=WGS84'
'units=m'
'no_defs'
END
END

UNITS DDと記述し度数で指定するがうまくいかず、meter指定をしてメートルで座標を指定。予想するに、読み込んでいるLAYERがメートル単位だからかもしれない。