http://www.php.net/manual/ja/configuration.changes.php

.htaccessの設定を有効にするには、httpd.conf側で.htaccessでの設定のオーバライドを許可する必要がある。

.htaccessでphp.iniの設定をオーバライドできるのは、ApacheがPHPをモジュールとして実行している時である。
CGIとして実行している場合は、php.iniの設定のみが有効。